Neste ano, o supletivo, ou Exame Nacional de Certificação de Competências de Jovens e Adultos, foi substituído pelo Enem.
De acordo com a responsável pela Educação de Jovens e Adultos da 13ª Coordenadoria Regional de Educação, Diva Mara Albano, a substituição do Encceja pelo Enem é válida apenas para os que pretendem concluir o Ensino Médio. Aqueles que desejam concluir o Ensino Fundamental estão fora deste processo e devem aguardar para se inscrever nos próximos meses. Segundo ela, a média necessária para obter o certificado de conclusão do Ensino Médio para aqueles que realizarem o Enem ainda não foi repassada às Secretarias Estaduais de Educação.
As inscrições para os que pretendem realizar o Enem podem ser feitas no endereço eletrônico http://enem.inep.gov.br/inscriçao ou no site da Secretaria Estadual da Educação (www.educa-cao.rs.gov.br). O candidato deverá responder se está matriculado em alguma escola de Ensino Médio. Se a resposta for negativa é necessário informar se alguma vez já participou do Encceja, e, nesse caso, declarar o ano em que participou. Após essa fase é feito o cadastro, com nome, CPF, identidade, nome da mãe, CEP, endereço, telefone e a cidade onde deseja realizar a prova, além de uma senha. Caso o candidato esteja matriculado em alguma escola de Ensino Médio, ele deve responder se concluirá os estudos este ano ou após 2009. Em seguida devem ser informados os dados do aluno.
A mudança do Encceja para o Enem tem o objetivo de facilitar o ingresso dos participantes nas universidades e nos institutos federais, servindo como processo seletivo. Os candidatos deverão inscrever-se para as quatro provas (Ciências da Natureza e suas tecnologias, Ciências Humanas e suas tecnologias, Linguagens Códigos e suas tecnologias, Matemática e suas tecnologias, além de Redação). O cartão de confirmação, com data, horário, local das provas, número de inscrição e senha de acesso aos resultados será enviado para o endereço informado no ato da inscrição.
Estão dispensados de pagar a taxa de inscrição para participar do Enem 2009 alunos do terceiro ano do Ensino Médio de instituições públicas de ensino, estudantes carentes do terceiro ano da rede particular, mediante preenchimento de declaração de carência disponível no sistema de inscrição, e participantes que concluíram o Ensino Médio em anos anteriores e que não tiverem condições de pagar a taxa de inscrição, mediante preenchimento de declaração de carência disponível no sistema de inscrição. Se o candidato não se enquadrar em nenhum desses casos, deverá pagar a taxa de R$ 35 para participar do Enem 2009.